Durch den Wiener Kongress erhielt Preußen 1815 endgültig Münster und große Teile des ehemaligen Fürstbistums zugesprochen. 1816 wurde Münster Hauptstadt der preußischen Provinz Westfalen und damit Sitz zahlreicher Behörden sowie eines Korpskommandos. Da die führenden Posten jedoch von auswärtigen Personen, meist Protestanten, eingenommen wurden, empfand man die preußische Verwaltung als Fremdherrschaft.

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Das Streben der Kirche, Einfluss und Unabhängigkeit zu behaupten, führte 1837 zum ersten schweren Konflikt zwischen Kirche und Staat. Die münsterischen Bürger stellten sich auf die Seite der Kirche in Opposition zum Staat. 1848 wählten sie den Bischof zum Abgeordneten in der Frankfurter Nationalversammlung. Im "Kulturkampf" des preußischen Staates gegen die katholische Kirche (1871–1884) war Münster eine Hochburg der Zentrumspartei. Erst das Anwachsen der Bevölkerungszahl und die wirtschaftliche Blüte Münsters ab 1890/1900 milderten die Distanz zu Preußen. Bei seinem ersten Besuch in Münster wurde der König von Preußen und Deutsche Kaiser Wilhelm II. 1907 begeistert begrüßt.

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