Die Gewässergüte der Flüsse und Bäche wird durch eine biologische Untersuchungsmethode ermittelt. Sie beruht auf der Artenzusammensetzung und Artenhäufigkeit bestimmter Organismen wie Bakterien, Insektenlarven, Kleinstkrebse (Saprobiensystem).
Das Amt für Grünflächen und Umweltschutz bewertet flächendeckend im Stadtgebiet 51 namentlich bekannte Bäche mit einer Gesamtlänge von 208 Kilometern. Die so erstellte Gewässergütekarte wurde zuletzt im Gewässergütebericht 1998 veröffentlicht.
Die amtliche Gewässergüte-Untersuchung führt das Staatliche Umweltamt Münster für die Kreise Coesfeld, Steinfurt und Warendorf sowie für die Stadt Münster durch. Das Landesuntersuchungsamt Nordrhein-Westfalen veröffentlicht einen jährlichen Gewässergütebericht mit wechselnden Themenschwerpunkten. Die amtliche Gewässergütekarte erscheint im fünfjährigen Rhythmus.