1801 verzichtete der zum Fürstbischof gewählte Erzherzog Anton Viktor von Österreich auf die Übernahme der Regierung in Münster. Auf Druck Napoleons kam es zur Säkularisation (Aufhebung aller geistlichen Staaten) im Reichsdeputationshauptschluss 1803 und 1806 zur förmlichen Aufhebung des Heiligen Römischen Reiches.

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Das Fürstbistum Münster verlor seine Selbstständigkeit, die Stadt Münster und Teile des ehemaligen Territoriums wurden 1802 zunächst Preußen zugeschlagen, gehörten 1806 bis 1813 zum napoleonischen Reich und wurden auf dem Wiener Kongress 1815 endgültig preußisch. Unter Napoleon wurde in Münster der Code Napoleon – das Gesetzbuch, das an die freiheitlichen Grundsätze der Französischen Revolution anknüpfte – eingeführt. Die Bevölkerung litt jedoch zunehmend unter Steuerforderungen zur Finanzierung der Kriege und Einberufungen in die französischen Heere.

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