Anfang September 1534 wurde Jan van Leiden zum König ausgerufen und umgab sich mit einem prunkvollen Hofstaat. In seinem Selbstverständnis war er König der gesamten Welt und bereitete die Herrschaft Christi auf Erden vor. Nach und nach heiratete Jan van Leiden neben der Königin Diewer von Haarlem 15 Nebenfrauen.

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Der Belagerungsring um die Stadt wurde seit Februar 1535 immer enger, Hunger breitete sich aus. Mit der Eroberung Münsters endete die Täuferherrschaft am 25. Juni 1535. Unter den etwa 650 Toten auf Seiten der Täufer waren zahlreiche Anführer, Bernhard Rothmann hingegen gelang die Flucht. Die wichtigsten Gefangenen, Jan van Leiden, Bernd Knipperdollinck und Bernd Krechtinck, wurden mehrfach verhört und zum Tode verurteilt. Die Hinrichtung fand am 22. Januar 1536 auf dem Prinzipalmarkt statt. Die Leichname wurden zur ewigen Abschreckung in drei eisernen Körben am Turm der Lambertikirche aufgehängt.

Nach der Eroberung enteignete Bischof Franz von Waldeck allen täuferischen Besitz, der Stadt wurden zahlreiche Rechte aberkannt und die Gilden aufgelöst. Im Jahr 1541 erhielt Münster vom Bischof zunächst einige Rechte zurück, die vollständige Restitution aller Stadtrechte, die Zulassung der Gilden und freier Ratswahlen, erfolgte 1553.

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